iPhone5sへ機種変したので、iPhone4sでとっていたバックアップをiPhone5sに復元したところ、一部の写真が欠落した状態になってしまいました。
１分間呆然としました。バックアップがバックアップの意味をなしていなかったこともそうですが、何よりiPhone上に撮りためていた写真が一部ですが無くなっていた（欠落していた）ことがショックでした。
そこでダメ元で「iPhone/iPod Touch Backup Extractor」で復元を試みたところ、欠落した写真の救出に成功しました。手順は以下の通りです。
手順
1.以下のサイトから、「iPhone/iPod Touch Backup Extractor」をダウンロードします。
iPhone Backup Extractor for Windows and Mac - Recover your lost data
2.iPhone/iPod Touch Backup Extractorを起動します。
3.「Read Backups」をクリックします。
4.iTunesにバックアップされた一覧が表示されますので、参照したいバックアップを選択して「choose」をクリックします。
5.「iOS Files」を選択して、Extractをクリックします。
6.バックアップ内容を展開したいフォルダを選択して、「Extract Here」をクリックします。
考えられる原因と対応策（復元後に写真が欠落する原因）
iTunesのバックアップ機能は、暗号化していない状態と暗号化している状態のバックアップが混在すると不具合が起こるようです。例えば、今まで暗号化せずにバックアップを行っていたものを、途中から暗号化してバックアップするように変更した場合が当てはまります。
iPhoneの復元結果を確認したところ、iPhone側に復元されていた写真は暗号化前にバックアップされたもので、欠落していた写真は暗号化後にバックアップされたものでした。
これに対して、iPhone/iPod Touch Backup Extractorで復元した結果では、iPhoneとは逆で暗号化後にバックアップされたものは復元出来ましたが、暗号化前にバックアップされたものは復元出来ませんでした。
対応策としては、最初から暗号化した状態でバックアップを行うことでこのような不具合を回避できることが考えられます。既にバックアップが作成されている場合は、iTunesの環境設定を開き、「デバイス」→「デバイスのバックアップ」→バックアップを選択→「バックアップを削除」でバックアップの削除が行えますので、削除後にバックアップを再作成すると良いでしょう。
また、写真はiTunesのバックアップとは別にPCやMacへ待避させておくことをおすすめします。写真を失わない方法としては、これが最も確実な方法です。
バックアップの暗号化について
バックアップを暗号化するメリットは、設定を引き継いだままバックアップ・復元が行えることにあります。詳細は、以下の記事に詳しくまとめられています。
参考：iTunesで作成するiPhoneのバックアップを暗号化する方法（Mac/Windows両対応） | AppBank – iPhone, スマホのたのしみを見つけよう
今の時期は、iPhone5s/5c発売直後ということもあり、iPhone4sや5からiPhone5s/5cへ機種変更される方が多いかと思いますが、暗号化してバックアップを行う方（暗号化なし→暗号化ありに変更してバックアップを行う方）は、十分ご注意ください。